在当前众多涉及农村土地承包经营权纠纷案件中，经常会遇到在一方当事人向法院提供出该承包地的土地承包经营权证书后，有的对方当事人就该证书另行提起行政诉讼要求撤销，也有部分审判人员告知对方当事人先行就该证书提起行政诉讼，法院受理后中止民事诉讼启动行政诉讼，有的还判决撤销了一方当事人的土地承包经营权证。我们认为这些做法不正确，理由如下：

我国《农村土地承包法》第二十三条规定，县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。为落实该条规定，农业部颁布了《农村土地承包经营权证管理办法》，对土地承包经营权证的初审、审核、登记、发放等程序和权限都作了明确具体的规定。其中第二条规定，农村土地承包经营权证是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。《物权法》第一百二十七条也规定，土地承包经营权自土地承包经营合同生效时设立。县级以上地方人民政府应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证、草原使用权证，并登记造册，确认土地承包经营权。从这些规定可以看出，政府颁发土地承包经营权证这种具体行政行为，是对生效土地承包合同的行政确认，属于羁束行政行为，行政机关没有自由裁量权，只能依据上述法律规定办理。对承包合同是否已经成立、是否已经实际取得承包经营权仅有形式审查的职能，不具有从实体上审查承包合同是否已经成立的实质审查权，没有审查承包合同效力的职权。

承包合同才是各方权利义务的唯一依据，承包经营权证仅在一定情况下具有对抗效力。在家庭承包中，家庭承包经营权自承包合同生效时成立，《农村土地承包经营权证管理办法》第十四条规定，承包期内，承包方采取转包、出租、入股方式流转土地承包经营权的，不须办理农村土地承包经营权证变更。采取转让、互换方式流转土地承包经营权的，当事人可以要求办理农村土地承包经营权证变更登记。因转让、互换以外的其他方式导致农村土地承包经营权分立、合并的，应当办理农村土地承包经营权证变更。所以，只要承包合同生效，承包人即取得承包经营权，不论政府后来是否确认。《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条规定，在其他方式承包中，发包方就同一土地订立两个以上承包合同的，按照下列情形分别处理：(1)已经依法登记的承包方，取得土地承包经营权；(2)均未依法登记的，生效在先合同的承包方取得土地承包经营权；(3)依前两项规定无法确定的，已经根据承包合同合法占有使用承包地的人取得土地承包经营权，但争议发生后一方强行先占承包的行为和事实，不得作为确定土地承包经营权的依据。可见，在其他方式承包中，只有在发包方就同一土地订立两个以上承包合同的情况下，先登记并领取土地承包经营权证书的人能对抗签订合同在先的人。《物权法》第一百二十九条也规定，土地承包经营权人将土地承包经营权互换、转让，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请土地承包经营权变更登记；未经登记，不得对抗善意第三人。可见，这种对抗效力属于民事诉讼中当事人可以直接行使的抗辩权，当事人可以在民事诉讼中提出，民事诉讼也应一并解决，毋须再通过行政诉讼来解决承包经营权合同存在的冲突。

根据《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第一条第二款第六项的规定，对公民、法人或者其他组织权利义务不产生实际影响的行政行为提起诉讼的，不属于法院行政诉讼的受案范围。颁发农村土地承包经营权证这种行政行为，只能起到一定的证明作用，对土地承包经营权证书的发包方和承包方以外的人的权利不产生实际影响，他们不能对土地承包经营权证书提起行政诉讼。

综上所述，只有土地承包经营权证书的发包方和承包方才能对地方人民政府关于土地承包经营权证的审查、登记、发放、收回、注销等行政程序行为有异议的，可向法院起诉，法院应按行政案件受理和审理，而且也只能对部分因程序违法而错误颁发的承包经营权证书予以撤销。