南阳市中级人民法院内设25个职能部门，3个事业单位，其具体工作职责如下：
(一)办公室
协助院领导组织、协调、处理司法政务;负责重要会议的组织安排;主管文电、机关值班、公务接待、机要保密、文印档案、资料管理等工作;负责平安建设、依法治理、卫生创建和“一村一法官”工作;承担上级领导和领导机关交办任务的督查督办工作，开展与人大代表、政协委员结对联络，组织办理人大代表、政协委员提案。
(二)政治部
指导全市法院系统思想政治工作，负责干警队伍的思想政治建设;负责全市法院系统的思想宣传和新闻发布工作；负责法官政治和业务培训工作，指导法官学院南阳分院制定培训计划;负责法官等级、法警警衔评授及报批工作;办理《法官法》规定的有关工作和法官考评委员会会议决定的有关事项，负责全市法院系统的奖励工作;负责本院人事管理的具体工作;协助地方党委和有关部门搞好基层法院领导班子建设和管理法院系统机构编制工作;完成领导交办的其他工作。
政治部内设教育人事处、宣传处、综合处。
(三)审判管理处
负责全市法院审判业务指导、案件质量评查、审判流程监管、法官绩效考评、审判委员会事务督办及其他审判综合管理工作、司法绩效管理、司法统计、司法建议。
(四)立案一庭
依法办理各类案件的审查立案;诉讼保全;严格执行司法救助制度，对符合诉讼费减、缓、免条件的进行审查，并报院长决定;审理管辖争议案件;对本院审理、处理的各类案件进行信息录入及审限流程管理;为当事人提供诉讼指导服务及案件查询；监督指导下级法院的立案工作。
(五)立案二庭
依法办理本院、基层法院已发生法律效力的刑事、民事等案件的申诉审查和立案工作;处理非诉来信来访;办理司法救助事宜。
(六)刑事审判第一庭
依法审理中级人民法院第一审普通刑事案件、本辖区内犯罪嫌疑人或他们的法定代理人不服基层人民法院第一审判决、裁定，向本院提起上诉的第二审刑事案件，人民检察院提起抗诉的案件，上级法院指定管辖的案件;依法审理涉黑类案件；依法审理毒品犯罪案件；监督指导基层法院的刑事审判工作。
(七)刑事审判第二庭
依法审理中级人民法院第一审普通刑事案件、本辖区内犯罪嫌疑人或他们的法定代理人不服基层人民法院第一审判决、裁定，向本院提起上诉的第二审刑事案件，人民检察院提起抗诉的案件，上级法院指定管辖的案件;依法审理职务犯罪案件；依法审理网络犯罪案件；监督指导基层法院的刑事审判工作。
(八)少年综合审判庭
依法审理中级人民法院第一审普通刑事案件、本辖区内犯罪嫌疑人或他们的法定代理人不服基层人民法院第一审判决、裁定，向本院提起上诉的第二审刑事案件，人民检察院提起抗诉的案件，上级法院指定管辖的案件;依法审理未成年犯罪案件；依法审理非法集资案件；监督指导基层法院的刑事审判工作。
(九)民事审判第一庭
依法审理本辖区内有重大影响及诉讼标的在500万以上的一审民事案件;依法审理最高人民法院指定管辖的民事一审案件;当事人不服基层人民法院第一审判决、裁定，向本院提起上诉的第二审民事案件，指导人民法庭和人民调解工作，监督指导下级法院的民事审判工作;依法审理本辖区内劳动争议案件；负责农民工案件统计工作;牵头组织中国民事审判年鉴编写及民事审判工作中疑难问题调研工作。
(十)民事审判第二庭
依法审理本辖区内有重大影响及诉讼标的在500万以上的一审民事案件;依法审理最高人民法院指定管辖的民事一审案件;当事人不服基层人民法院第一审判决、裁定，向本院提起上诉的第二审民事案件，指导人民法庭和人民调解工作，监督指导下级法院的民事审判工作;组织开展涉军维权工作。
(十一)民事审判第三庭
依法审理本辖区内有重大影响及诉讼标的在500万以上的一审民事案件;依法审理最高人民法院指定管辖的民事一审案件;当事人不服基层人民法院第一审判决、裁定，向本院提起上诉的第二审民事案件，指导人民法庭和人民调解工作，监督指导下级法院的民事审判工作;组织开展“三留守”人员案件专项活动。
(十二)民事审判第四庭（清算与破产审判庭）
审理公司强制清算与企业破产案件；负责对辖区基层法院公司强制清算与企业破产案件审判工作进行业务指导；负责相关法院之间公司强制清算与企业破产案件的协调工作；负责破产管理人的管理、培训等相关工作。
(十三)劳动争议审判庭
依法审判执行异议之诉案件。
(十四)行政审判庭
依法审理本辖区内第一审、二审行政案件及省法院指定管辖的一审行政案件;负责对辖区内涉及副处级以上单位行政案件的审查工作及行政一、二审诉讼生效判决申请再审的审查工作;负责行政诉讼异地指定管辖;监督指导下级法院的行政审判工作。
(十五)执行局
依法执行本院作为第一审发生法律效力并具有给付内容的判决书、裁定书、调解书;协助执行或办理外地人民法院委托执行的案件;执行法律规定由本院执行的生效法律文书;涉执信访监督、指导、协调下级法院的执行工作。
执行局内设执行一庭、执行二庭、综合处。
(十六)审判监督庭
依法审理本院、下级法院已发生法律效力的刑事、民事、行政判决、裁定确有错误的再审案件;依法受理减刑假释案件；监督指导下级法院的审判监督工作。
(十七)国家赔偿委员会办公室
依法受理国家赔偿案件。
(十八)减刑假释审判庭（环资合议庭）
依法受理减刑假释案件，环境资源类刑事、民事、行政案件。
(十九)司法警察局
维护审判秩序，对进入审判区域的人员进行安全检查;刑事审判中押解、看管被告人或罪犯，传带证人、鉴定人和传递证据;在生效法律文书的强制执行中，配合实施执行措施，必要时依法采取强制措施;执行死刑;机关安全和涉诉信访应急处置工作;执行拘传、拘留等强制措施;负责法警警衔管理具体工作、协调辖区内重大警务活动、指导下级法院的法警工作。
司法警察局内设警政科、警务科、直属大队。
(二十)研究室
负责调查研究、案例编选和汇总，总结审判工作经验；适用法律、政策请示;组织汇总对法律、法规、规章草案的意见;起草综合性文件、报告;负责综合信息、院志编纂、港澳台司法协助及对下级法院相关工作进行指导。
(二十一)司法技术鉴定处
承担审判工作中所涉及的司法技术鉴定工作;司法拍卖及中介机构的监督管理工作;死刑执行的监督及死亡确认工作;指导全市法院系统司法技术鉴定及司法拍卖工作。
(二十二)司法行政装备管理处
制定和组织实施全市法院武器、装备车辆等专项物资装备计划、分配方案;指导人民法庭和审判庭建设，并拟定建设规划和管理办法;负责本院财务、国有资产管理、基本建设以及其他行政管理事务;管理使用本院诉讼费、业务经费;指导监督所属事业单位的财务和国有资产的管理工作;指导监督全市法院诉讼费收缴管理使用和干警服装管理工作。
(二十三)督察室
指导监督辖区基层法院的审务督察工作；对辖区基层法院贯彻落实中央、地方党委决策部署，执行国家法律法规和落实上级人民法院规定、决定情况开展司法巡查；承担法官惩戒相关工作，依照《中华人民共和国公务员法》等规定在本院党组授权范围内对工作人员给予处分；指导督促辖区基层法院开展党风廉政建设；承担本院党组交办的其他事项。
(二十四)机关党委
负责机关党建、精神文明建设、工会、青年团及妇女委员会的日常工作;征集推介党建创新案例工作;开设道德讲堂，加强党员思想作风建设;指导全市法院系统党建工作。
(二十五)离退休干部工作处
负责离退休干部的服务和管理工作。
(二十六)南阳市中级人民法院机关服务中心（事业）
负责本院合同制用工人员的聘用、管理、使用;公文制作印刷;机关车辆管理使用;机关内部餐厅日常管理与维护;联合街及七一路的房产的日常管理与维护。
(二十七)河南法官进修学院南阳分院（事业）
负责全市法院在职干警及人民陪审员的教育培训;参与南阳市政府安全生产督查工作;组织司法考试培训。
(二十八)南阳市中级人民法院信息网络管理中心（事业）
由司法技术鉴定处分管。负责全市法院通讯、计算机网络、办公现代化等司法科学技术的规划、技术标准制定和管理维护工作;负责全市法院通信技术和办公自动化人员培训。
